Как уже отмечалось, минусом развития российского железнодорожного транспорта является то, что железнодорожная сеть России недостаточно ориентировалась на использование транзитного потенциала нашей территории. Только в самые последние годы стали предусматриваться меры по координации железнодорожного строительства с транзитными потребностями европейских и азиатских стран, в частности, включение российских железных дорог в проекты создания международных "транспортных коридоров", лучшая "стыковка" железных дорог РФ с зарубежными и т.д. Крупнейшей задачей является восстановление так называемого Транссибирского контейнерного сервиса.
По имеющимся оценкам ежегодные доходы России от транзита составляют в настоящее время менее 1 млрд. долл., тогда как в 80-е годы только один иранский транзит приносил более 5 млрд. долл.
Другим минусом железнодорожного транспорта СССР, затем РФ, была недостаточная его кооперация с другими видами транспорта, прежде всего, автомобильным.
Кроме того, объективные условия - большие размеры территории, явились причиной того, что многие российские пространства, в особенности к востоку от Урала и на Севере оказались или слабо связанными железнодорожным сообщением с остальными регионами или вообще лишены такого сообщения. Густота железнодорожной сети и сейчас остается явно недостаточной.
В России в последние годы, согласно официальной статистике, стала намечаться постепенная стабилизация на этом важнейшем для страны виде транспорта, и возникли надежды на постепенное улучшение ситуации.
По общему количеству перевезенных грузов (млн. т.) 2000 г. - 1042,4; 2001 г. - 1957; рост составил в 2000 г. - 111,3% по сравнению с предыдущим, 1999 г., а в 2001 г. - 101,4% по отношению к 2000 г.
В товарной структуре перевозимых по российским железным дорогам грузов преобладают каменный уголь (около 1/4 общего тоннажа), строительные грузы (15%), нефть и нефтепродукты (15%), железная и марганцевая руда (8%), черные металлы, включая лом (7,6%р.
По грузообороту железные дороги России еще далеко отличаются от того объема работы, которую они осуществляли в начале 90-х годов. Если принять уровень 1990 г. по РФ за К (2523 млрд. т.км), то в 1995 г индекс составлял - 48; 1999 г. - 47,8; 2000 г. - 54,4; 2001 г. - 57,1. Следовательно, даже при благоприятном развитии понадобится еще 5-10 лет, чтобы восстановить грузооборот дореформенного периода.
На 1.01.2001 г. при эксплуатационной длине железных дорог общего пользования 86 тыс. км их развернутая длина составляла 123,9 тыс. км.
Российское железнодорожное ведомство на рубеже двух столетий предложило осуществить ряд проектов, в том числе и весьма амбициозные. Среди одобренных планов те, которые основаны на Федеральном законе "Об особых экономических зонах Байкало-Амурской железнодорожной магистрали" от 1999 г. Осуществлена прокладка железнодорожной ветки Чара-Чина, которая открывает доступ к богатому месторождению железных руд, ванадия. Эта железнодорожная ветка длиной 67 км, законченная постройкой в 2001 г., связала месторождение с Кузнецким металлургическим комбинатом. Кроме того, в 2001 г. начаты работы на линии, которая пройдет до Эльгинских месторождений коксующих углей. Проектируется также железнодорожная ветка от БАМа до Нерюнгринского угольного месторождения.
Вместе с тем выдвинуты также предложения более масштабного характера. Они в основном предусматривают продолжение Транссиба и БАМа: соединение (с постройкой моста или тоннеля) материка с Сахалином и далее - этого острова с Японией, тогда как на севере предлагается продолжить железнодорожную магистраль до Чукотки с тем, чтобы соединить ее с Америкой через Берингов пролив.